瞬きで、瞼を閉じたときに瞳孔と角膜はアイトラッキングカメラから隠れます。その結果、データからはその間のX,Y座標がなくなります。（頭部が計測範囲から外れた場合も、その間のX,Y座標はデータからなくなります。）Tobii Proの視線解析ソフトウェアには、瞬きによる視線データへの影響を除去し正しい視線の停留データを算出するためのFixationフィルター機能があります。
レコーディング中にアイトラッカーの計測範囲から被験者の頭部が外れていなければ、出力したテキストデータから瞬きに関するデータを抽出することも可能です。
